RESCO 2 (Réseau de Surveillance Planifiée des Organismes pathogènes de l’huître creuse 2)

Création en 2015, faisant suite au RESCO mis en place en 2009, et au REMORa mis en place en 1993.

En 2015, la structure et le fonctionnement de l’ancien réseau RESCO a été utilisée afin d’appliquer une surveillance planifiée sur les huîtres creuses. Plus précisément, les lots sentinelles utilisés par le réseau, représentant 3 classes d’âge (6 mois, 18 mois conservés de l’année précédente et 30 mois conservés de l’année précédente) sont suivis régulièrement (fréquence bi-mensuelle à mensuelle) tout au long de l’année sur 12 sites ateliers nationaux (correspondant aux sites anciennement RESCO). Lors de chaque passage, des dénombrements sont effectués afin d’évaluer le taux de mortalité, et différents types d’analyses diagnostiques de laboratoire seront réalisés :

- au temps initial, les nouveaux lots de naissain (Naissains Standardisés Ifremer) subiront des analyses spécifiques par PCR afin de rechercher les agents infectieux potentiellement présents (OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) mais aussi des analyses non spécifiques (histologie, bactériologie classique ) pour la détection éventuelle d’autres agents pathogènes

- pour la détection de maladies émergentes, les premiers lots moribonds détectés pour chaque classe d’âge, pour chaque site, subiront des analyses diagnostiques de laboratoire spécifiques (PCR OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) et non spécifiques (histologie) afin de déceler le plus précocement possible d’éventuelles maladies émergentes sur ces lots sentinelles

- pour la détection de maladie exotique, en l’absence de hiérarchisation des maladies exotiques des huîtres creuses disponible, le parasite Mikrocytos mackini a été choisi pour être surveillé car l’infection par ce parasite est réglementée au niveau européen, sur l'un des sites du RESCOII (Loix en Ré) identifié préalablement comme un site à risque vis à vis de l'introduction de ce parasite.

Parallèlement à ces suivis de mortalités et ces analyses diagnostiques de laboratoire, chaque site est équipé de sonde permettant l’acquisition de paramètres environnementaux (température, pression, salinité) à haute fréquence.

Les différents résultats sont bancarisés dans la base Quadrige², et sont disponibles pour les différents acteurs concernés. Le réseau est adossé à un site internet dédié permettant la diffusion des objectifs, des protocoles et des résultats, et sera mis à jour tous les mois. Parallèlement, des bulletins d’information synthétisant les résultats obtenus sont diffusés par mail tous les mois aux services de l’Etat.

Date (Création): 2015-01-01T00:00:00

Identificateur: FR-DCSMM-PDS

Forme de la présentation: Profil numérique

But: Suivre l'évolution spatio temporelle des mortalités d'huîtres creuses et détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes présents, exotiques et/ou émergents affectant les huîtres creuses Crassostrea gigas et pouvant engendrer des épisodes de mortalité.

Reconnaissance: Producteurs de données : Les suivis in situ, ainsi que la saisie des données dans la base Quadrige² des données recueillies sont réalisés par les agents Ifremer des Laboratoires côtiers Environnement Ressources (LER-MPL, LER-N, LER-BN, LER-BO, LER-PC, LER-AR, LER-LR), et du laboratoire PFOM-LPI (station d’Argenton) de Brest. La coordination, la gestion du site internet et l’analyse et la diffusion des résultats, seront assurées à partir du laboratoire LER-MPL de La Trinité sur Mer.

Les analyses diagnostiques de laboratoire en pathologie sont réalisées :

- par un réseau de laboratoires agréés pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus en biologie moléculaire,

- par un réseau de laboratoires agréés en histologie pour la recherche d’agents infectieux réglementés en histo-cytologie

Etat: Mise à jour continue

Contact pour la ressource

Nom de l'organisation	Nom de la personne	Adresse e-mail	Rôle
Ifremer, LER Morbihan Pays de Loire	Fleury Élodie	elodie.fleury@ifremer.fr	Point de contact
Ifremer, LER Morbihan Pays de Loire	Fleury Élodie	elodie.fleury@ifremer.fr	Gestionnaire

Fréquence de mise à jour: Mensuelle

Remarque sur la mise à jour: Durée du réseau : Inconnu

Thème

Réseau
Surveillance
Mollusques
Mortalité
Pathologie
Réglementation

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0

Installations de suivi environnemental

Sous-regions marines

/Métropole/Manche mer du Nord
/Métropole/Méditerranée occidentale
/Métropole/Golfe de Gascogne
/Métropole
/Métropole/Mers Celtiques

DCSMM : Type d'espace concerné

Pas d'espace particulier concerné

DCSMM : Descripteurs

D9: Questions sanitaires

DCSMM : Méthodes de recueil des données

Observation directe
Observation par point

Thèmes Sextant

/Activités humaines/Réseaux d'observation et de surveillance du littoral

Centre de données ODATIS

CDS-IS-SISMER

Type de jeux de donnée ODATIS

Données d'observation

Thèmatiques ODATIS

Dispositifs de surveillance

Thématiques - SIMM

Recherche
/Etat du Milieu/Pollutions
/Etat du Milieu/Littoral
/Activités et Usages/Pêche et Aquaculture

ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names

Invertébrés
Organismes pathogènes

Mots clés

DCSMM
hvd

High-value dataset categories

Observation de la terre et environnement

Contraintes d'accès: Restreint

Autres contraintes: Condition d'accès libre.

Demande d'autorisation de diffusion des données à la DGAl.

Limitation d'utilisation: Gratuit

Type de représentation spatiale: Vecteur

Dénominateur de l'échelle: 1000000

Langue de la ressource: Français

Encodage des caractères: Utf8

Catégorie ISO

Environnement

Informations supplémentaires: Maître d'ouvrage :

Direction générale de l’alimentation (DGAL)

Maître d'œuvre :

Ifremer

Financeur(s) :

DGAL

Nom du système de référence: EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 7.9

Niveau topologie: Géométrie seulement

Type de géométries des objets: Complexe

Format (encodage)

Nom	Version

Ressource en ligne

Protocole	Adresse Internet	Nom
WWW:LINK	http://wwz.ifremer.fr/observatoire_conchylicole	Site web RESCO II, Réseau d'Observations Conchylicoles
WWW:LINK	https://drive.google.com/folderview?id=0B9h4tBVRPO7zSTNfQzhwSHJtbWs&usp=sharing&tid=0B9h4tBVRPO7zR201azNDaVVFVDg#list	Documentation RESCO II
WWW:LINK-1.0-http--metadata-URL	http://www.seanoe.org/data/00419/53007/	DOI RESCO REMORA
OGC:WMS	https://sextant.ifremer.fr/services/wms/odatis	ODATIS_REMORA

Ressource en ligne

No information provided.

Ressource en ligne

Protocole	Adresse Internet	Nom
OGC:WMS	https://sextant.ifremer.fr/services/wms/odatis	ODATIS_RESCO

Niveau: Jeu de données

Résultat de conformité

Titre: Inspire specifications

Date (Création)

Explication: Non évalué

Généralités sur la provenance: L'année 2015 est une année de transition initiant l’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins mise en œuvre par l’Ifremer. Le dispositif de surveillance constitué de 4 axes répond à deux objectifs.

Trois axes sont mis en place pour répondre au premier objectif .

La surveillance planifiée des mortalités et des maladies de l’huître creuse Crassostrea gigas s’appuyant sur le réseau RESCO 2.

La surveillance planifiée des mortalités et des maladies de la moule bleue Mytilus edulis s’appuyant sur le réseau MYTILOBS 2. Ces deux réseaux se basent sur un suivi régulier d’indicateurs de santé chez les animaux sur des sites ateliers.

La surveillance événementielle des mortalités des autres espèces de mollusques marins (moule Mytilus galloprovincialis comprise) s’appuyant sur le réseau REPAMO 2.Ce réseau, se base sur la déclaration de mortalités des conchyliculteurs ou des pêcheurs professionnels aux services déconcentrés de l’Etat, les Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM).Un axe est mis en place pour répondre au deuxième objectif. La surveillance planifiée, ciblée et fondée sur le risque d’introduction et d’installation de Microcytos mackini chez l’huître creuse Crassostrea gigas s’appuyant sur le réseau RESCO 2. Cette surveillance se base sur un suivi régulier du site atelier de Loix-en-Ré. La surveillance s'applique à des populations de coquillages d'intérêt commercial que ce soient des populations d'élevage ou des populations sauvages du littoral français.

L'unité épidémiologique peut être une concession ou un parc ostréicole, une écloserie - nurserie, un gisement naturel, une zone ou une partie de zone. Toutes les unités épidémiologiques peuvent faire l'objet d'un échantillonnage en fonction du protocole d’épidémiosurveillance considéré.Les données collectées dans le cadre du réseau REPAMO 2 sont de deux types : des informations concernant le prélèvement (commémoratifs) et des résultats d'analyses. Pour chaque protocole d’épidémiosurveillance, les commémoratifs sont collectés de manière systématique par des correspondants de terrain Ifremer en s’appuyant sur des questionnaires élaborés sous démarche qualité. Les animaux prélevés sont analysés par la cellule analytique du Laboratoire de pathologie et de génétique Ifremer de La Tremblade. La méthode analytique de référence préconisée pour la détection des organismes pathogènes des maladies réglementées est l’histo-pathologie. L'effectif analysé permet de compenser la faible sensibilité et spécificité de cet outil, notamment sur des agents infectieux autres que parasitaires. D'autres outils de diagnostic sont utilisés en complément, principalement des techniques de biologie moléculaire telles que la PCR mais également la culture (bactérienne par étalement – isolement de souches majoritaires, parasitaire en milieu thioglycollate), l'hybridation in situ, la microscopie électronique à transmission, la caractérisation d’espèces par séquençage.

Description: Type de données :

Les données acquises concernent l'huître creuse Crassostrea gigas, positionnées en triplicat de poches sur l'estran (ou en pearl-net sur le site de Marseillan). Parallèlement des données environnementales sont acquises sur l'ensemble des sites (température, pression, salinité). Toutes ces données sont saisies dans la base de données Quadrige 2.

Les analyses pathologiques sont effectuées sur des prélevements d'huîtres moribondes et d'huîtres vivantes. Des travaux sont en cours pour pouvoir saisir ces résultats dans la base de données Quadrige 2.

Précision sur le type de donnée :

Plusieurs types de données sont acquises dans le cadre de RESCOII, sur l'ensemble des 12 sites positionnés dans les principaux bassins ostréicoles français :

- données de mortalité

- données de croissance

- données indice AFNOR (sur lots juvéniles et adultes)

- données biométriques (sur lots juvéniles)

- données environnementales

- analyses pathologiques (sur tous les lots en cas de mortalité)

Nombre de points d'observation ou de mesure : 12 sites

Paramètre(s) observé(s) ou mesuré(s) :

Les données acquises renseignent, au niveau de la poche (pour tous les lots) :

- le poids total

- le nombre d'huîtres mortes et le nombre d'huîtres vivantes

et au niveau de l'individu (pour le lot 18 mois) :

- le poids total

- le poids de la coquille

- la longueur de la coquille

- le poids de chair humide

- le poids de chair lyophilisée

- la présence de polydora (selon indice de 0 à 4)

- l'indice de maturation (selon indice de 0 à 2)

Pour chaque site, des données haute fréquence de température, salinité, pression sont acquises via des sondes SMATCH (sur 6 sites) et des sondes STPS (sur les 12 sites).

Les analyses pathologies effectuées en cas de détection d'huîtres moribondes sont :

- analyses PCR Herpes virus OsHV-1 et Vibrio aestuarianus

- analyses histologiques pour agents infectieux réglementés (Bonamia sp, Marteilia sp, Perkinsus sp, Mikrocytos)

Résolution du (ou des) paramètre(s) :

Sur chacun des 12 sites, poches en triplicat pour chaque lot, et poches réserves pour conservation des lots en année N+1 :

- 3 poches naissains (NSI) + poche réserve

- 3 poches juvéniles (18 mois) + poche réserve

- 3 poches adultes (30 mois).

Densité des animaux par poche : 300 individus au départ des suivis

Prélèvements pour biométrie (sur lot 18 mois) : 30 individus

Prélèvements pour analyses pathologiques : 30 individus (X moribondes et 30 - X vivantes, avec X le plus élevé possible) :

- 15 individus analysés en PCR

- 15 individus analysés en histo-cytologie

Fréquence d'actualisation :

annuelle

Fréquence d'observation :

bimensuelle

Description: Plan d'échantillonnage :

Plan d'échantillonage planifié dans le temps, avec passage programmé tous les 15 jours sur l'ensemble des sites.

Les prélèvements pour analyses pathologiques sont réalisés lors de la 1ère détection d'huîtres moribondes (> à 4 individus), et ce pour chacune des 3 classes d'âge suivies.