RESCO 2 (Network for the planned monitoring of pathogenic organisms affecting the flat oyster 2)

Created in 2015, it follows on from the RESCO launched in 2009, and REMORa launched in 1993.

In 2015, the structure and operation of the former RESCO network was used to implement planned monitoring of oysters. More specifically, the sentinel batches used by the network, representing 3 age classes (6 months, 18 months of the previous year and 30 months of the previous year) are monitored regularly (frequency: bi-monthly or monthly). throughout the year at 12 national sites (corresponding to former RESCO sites). At each passage, counts are made to assess the mortality rate, and different types of laboratory diagnostic tests will be performed:

- initially, the new spat batches (Ifremer Standardized Spats) will undergo specific PCR analyzes to search for potentially present infectious agents (OsHV-1 and Vibrio aestuarianus) but also non-specific analyzes (histology, classical bacteriology) for the possible detection of other pathogenis agents ;

- for the detection of emerging diseases, the first dying batches detected for each age group, for each site, will undergo specific laboratory (OsHV-1 and Vibrio aestuarianus PCR) and non-specific (histology) diagnostic tests in order to detect as early as possible emerging diseases in these sentinel batches;

- for the detection of exotic diseases, in the absence of a hierarchy of exotic diseases being available for oysters, it was decided to monitor the parasite Mikrocytos mackini because infection with this parasite is regulated at European level, on one of the RESCOII sites (Loix en Ré) previously identified as a site at risk with respect to the introduction of this parasite.

In addition to these mortality follow-ups and the laboratory diagnoses, each site is equipped with a probe to allow it to gather environmental parameters (temperature, pressure, salinity) at high frequency.

The various results are stored in the Quadrige² database, and are available for the various actors involved. The network is closely linked to a dedicated website which allows the dissemination of objectives, protocols and results, and which will be updated every month. In parallel, newsletters summarizing the results obtained are sent by e-mail every month to the State services.

Date (Creation): 2015-01-01T00:00:00

Citation identifier: FR-DCSMM-PDS

Presentation form: Digital profile

Purpose: Suivre l'évolution spatio temporelle des mortalités d'huîtres creuses et détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes présents, exotiques et/ou émergents affectant les huîtres creuses Crassostrea gigas et pouvant engendrer des épisodes de mortalité.

Credit: Producteurs de données : Les suivis in situ, ainsi que la saisie des données dans la base Quadrige² des données recueillies sont réalisés par les agents Ifremer des Laboratoires côtiers Environnement Ressources (LER-MPL, LER-N, LER-BN, LER-BO, LER-PC, LER-AR, LER-LR), et du laboratoire PFOM-LPI (station d’Argenton) de Brest. La coordination, la gestion du site internet et l’analyse et la diffusion des résultats, seront assurées à partir du laboratoire LER-MPL de La Trinité sur Mer.

Les analyses diagnostiques de laboratoire en pathologie sont réalisées :

- par un réseau de laboratoires agréés pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus en biologie moléculaire,

- par un réseau de laboratoires agréés en histologie pour la recherche d’agents infectieux réglementés en histo-cytologie

Status: On going

Point of contact

Organisation name	Individual name	Electronic mail address	Role
Ifremer, LER Morbihan Pays de Loire	Fleury Élodie	elodie.fleury@ifremer.fr	Point of contact
Ifremer, LER Morbihan Pays de Loire	Fleury Élodie	elodie.fleury@ifremer.fr	Custodian

Maintenance and update frequency: Monthly

Maintenance note: Durée du réseau : Inconnu

Theme

Réseau
Surveillance
Mollusques
Mortalité
Pathologie
Réglementation

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0

Environmental monitoring facilities

Sous-regions marines

/Metropolitan France/Channel-North Sea
/Metropolitan France/Western Mediterranean
/Metropolitan France/Bay of Biscay
/Metropolitan France
/Metropolitan France/Celtic Seas

DCSMM : Type d'espace concerné

Pas d'espace particulier concerné

DCSMM : Descripteurs

D9: Health Issues

DCSMM : Méthodes de recueil des données

Observation directe
Observation par point

Thèmes Sextant

/Human Activities/Coastal monitoring networks

Centre de données ODATIS

CDS-IS-SISMER

Type de jeux de donnée ODATIS

Observational data

Thèmatiques ODATIS

Monitoring system

Thématiques - SIMM

Research
/Environmental Status/Pollution
/Environmental Status/Coastal areas
/Uses and Human Activities/Fisheries and aquaculture

ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names

Invertebrates
Pathogenic organisms

Keywords

DCSMM
hvd

High-value dataset categories

Observation de la terre et environnement

Access constraints: Restricted

Other constraints: Condition d'accès libre.

Demande d'autorisation de diffusion des données à la DGAl.

Use limitation: Gratuit

Spatial representation type: Vector

Denominator: 1000000

Language: Français

Character set: UTF8

Topic category

Environment

Supplemental Information: Maître d'ouvrage :

Direction générale de l’alimentation (DGAL)

Maître d'œuvre :

Ifremer

Financeur(s) :

DGAL

Reference system identifier: EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 7.9

Topology level: Geometry only

Geometric object type: Complex

Distribution format

Name	Version

OnLine resource

Protocol	Linkage	Name
WWW:LINK	http://wwz.ifremer.fr/observatoire_conchylicole	Site web RESCO II, Réseau d'Observations Conchylicoles
WWW:LINK	https://drive.google.com/folderview?id=0B9h4tBVRPO7zSTNfQzhwSHJtbWs&usp=sharing&tid=0B9h4tBVRPO7zR201azNDaVVFVDg#list	Documentation RESCO II
WWW:LINK-1.0-http--metadata-URL	http://www.seanoe.org/data/00419/53007/	DOI RESCO REMORA
OGC:WMS	https://sextant.ifremer.fr/services/wms/odatis	ODATIS_REMORA

OnLine resource

No information provided.

OnLine resource

Protocol	Linkage	Name
OGC:WMS	https://sextant.ifremer.fr/services/wms/odatis	ODATIS_RESCO

Hierarchy level: Dataset

Conformance result

Title: Inspire specifications

Date (Creation)

Explanation: Non assessed

Statement: 2015 was a year of transition initiating changes in how Ifremer monitors the health of marine molluscs. The monitoring process consists of 4 strands and serves 2 objectives.

Three strands have been put in place to meet the first objective.

Planned monitoring of mortalities and diseases of the Crassostrea gigas oyster using the RESCO 2 network.

Planned monitoring of blue mold Mytilus edulis mortalities and diseases using the MYTILOBS 2 network. These two networks focus on regular monitoring of animal health indicators at the sites.

Events monitoring of mortalities of other species of marine molluscs (the Mytilus galloprovincialis mussel included) using the REPAMO network 2. This network makes use of the data on mortalities reported by shellfish farmers or by professional fishermen to the decentralized services of the State, the Departmental Directorate of Territories and Sea.

One strand has been put in place to meet the second objective. The planned, targeted and risk-based monitoring of the introduction and establishment of Microcytos mackini in the Crassostrea gigas cupped oyster depends on the RESCO 2 network. This monitoring is based on regular follow-up of the Loix-en-Ré site. The surveillance applies to shellfish populations of commercial interest on the French coast whether they are farmed or wild.

The epidemiological unit may be a concession or an oyster farm, a hatchery-nursery, a natural bed, an area or part of an area. All epidemiological units can be sampled according to the given epidemiological surveillance protocol. Two types of data are collected in the REPAMO 2 network: information on the collection (commemorative) and results from analyses. For each epidemiosurveillance protocol, memorials are systematically collected by Ifremer field correspondents based on questionnaires developed as part of a quality approach. The animals collected are analyzed by the analytical section of Ifremer’s Pathology and Genetics Laboratory in La Tremblade. The analytical reference method recommended for the detection of pathogenic organisms of regulated diseases is histopathology. The number of samples analyzed makes it possible to compensate for the low sensitivity and specificity of this tool, especially for infectious agents other than parasites. Other diagnostic tools are used in addition. These include molecular biology techniques such as PCR but also cultures (bacterial spread - isolation of majority strains, parasitic in thioglycolate medium), in situ hybridization, electron microscopy transmission, characterization of species by sequencing.

Description: Type de données :

Les données acquises concernent l'huître creuse Crassostrea gigas, positionnées en triplicat de poches sur l'estran (ou en pearl-net sur le site de Marseillan). Parallèlement des données environnementales sont acquises sur l'ensemble des sites (température, pression, salinité). Toutes ces données sont saisies dans la base de données Quadrige 2.

Les analyses pathologiques sont effectuées sur des prélevements d'huîtres moribondes et d'huîtres vivantes. Des travaux sont en cours pour pouvoir saisir ces résultats dans la base de données Quadrige 2.

Précision sur le type de donnée :

Plusieurs types de données sont acquises dans le cadre de RESCOII, sur l'ensemble des 12 sites positionnés dans les principaux bassins ostréicoles français :

- données de mortalité

- données de croissance

- données indice AFNOR (sur lots juvéniles et adultes)

- données biométriques (sur lots juvéniles)

- données environnementales

- analyses pathologiques (sur tous les lots en cas de mortalité)

Nombre de points d'observation ou de mesure : 12 sites

Paramètre(s) observé(s) ou mesuré(s) :

Les données acquises renseignent, au niveau de la poche (pour tous les lots) :

- le poids total

- le nombre d'huîtres mortes et le nombre d'huîtres vivantes

et au niveau de l'individu (pour le lot 18 mois) :

- le poids total

- le poids de la coquille

- la longueur de la coquille

- le poids de chair humide

- le poids de chair lyophilisée

- la présence de polydora (selon indice de 0 à 4)

- l'indice de maturation (selon indice de 0 à 2)

Pour chaque site, des données haute fréquence de température, salinité, pression sont acquises via des sondes SMATCH (sur 6 sites) et des sondes STPS (sur les 12 sites).

Les analyses pathologies effectuées en cas de détection d'huîtres moribondes sont :

- analyses PCR Herpes virus OsHV-1 et Vibrio aestuarianus

- analyses histologiques pour agents infectieux réglementés (Bonamia sp, Marteilia sp, Perkinsus sp, Mikrocytos)

Résolution du (ou des) paramètre(s) :

Sur chacun des 12 sites, poches en triplicat pour chaque lot, et poches réserves pour conservation des lots en année N+1 :

- 3 poches naissains (NSI) + poche réserve

- 3 poches juvéniles (18 mois) + poche réserve

- 3 poches adultes (30 mois).

Densité des animaux par poche : 300 individus au départ des suivis

Prélèvements pour biométrie (sur lot 18 mois) : 30 individus

Prélèvements pour analyses pathologiques : 30 individus (X moribondes et 30 - X vivantes, avec X le plus élevé possible) :

- 15 individus analysés en PCR

- 15 individus analysés en histo-cytologie

Fréquence d'actualisation :

annuelle

Fréquence d'observation :

bimensuelle

Description: Plan d'échantillonnage :

Plan d'échantillonage planifié dans le temps, avec passage programmé tous les 15 jours sur l'ensemble des sites.

Les prélèvements pour analyses pathologiques sont réalisés lors de la 1ère détection d'huîtres moribondes (> à 4 individus), et ce pour chacune des 3 classes d'âge suivies.